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（三）伪税控系统与金税工程其他系统的关系
金税工程是国家税务总局坚持增值税改革方向，按照“科技加管理”思路，建设具有中国特色的增值税监管体系，建设覆盖全国的增值税计算机监控网络，在企业（增值税一般纳税人）全面实施防伪税控开票子系统，在税务部门建立发票认证、发票稽核比对和发票协查等系统。
防伪税控内部各个系统之间相互协调、相互制约并与金税工程的其他系统相互协同，组成一个有机的整体，对增值税进行有效管理。“增值税一般纳税人认定子系统”中的纳税人信息将进入到防伪税控系统，作为企业发行子系统功能模块对所辖企业的开票子系统进行发行的依据：“税务发票管理子系统”向防伪税控系统调拨发票用于增值税专用发票的发售；销货方企业通过防伪税控开票子系统向购货方开具发票，并将发票存根联信息由防伪税控报税子系统功能模块传到计算机稽核系统；购货方企业将发票抵扣联通过防伪税控认证子系统进行真伪认证，认证相符的抵扣联信息进入计算机稽核系统，认证不符的信息传输到发票协查系统进行处理；稽核系统将抵扣联信息和存根联信息进行比对，比对不符、缺联票等信息传输到发票协查系统进行处理；发票协查子系统接受委托或按照上级税务机关的指令，对有疑问的或已经确定为虚开的增值税专用发票进行查处。
防伪税控系统作为金税工程的数据源，保证了数据采集的真实性和完整性，并协同其他子系统将增值税专用发票运行情况置于计算机网络的严密监控之下，有效地解决了利用增值税专用发票进行犯罪活动的问题，减少了基层税务机关和税务人员执法过程中的随意性，成为税务机关打击利用增值税专用发票犯罪的“杀手锏”。
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